La permeabilità intestinale deriva dall'ipotesi che l'origine di molte intolleranze alimentari, allergie e malattie autoimmuni dipenda dall'aumentata permeabilità intestinale.
L'intestino dei pazienti affetti da permeabilità intestinale non riesce ad opporsi in maniera adeguata all'ingresso di antigeni alimentari, tossine e patogeni nel circolo sanguigno.
La permeabilità intestinale porta l'intestino ad essere "come un rubinetto guasto" che perde acqua (da qui il termine Leaky Gut - intestino che gocciola), si verrebbero quindi a creare delle brecce nella mucosa intestinale, attraverso le quali proteine dal forte potenziale antigenico, tossine e patogeni possono penetrare nell'organismo.